从城市发展的整体进程来看,快速公共交通网络对轮渡的替代仍是客观且残酷的进程。自1990年代以来,上海市很快建造运营了地铁、高架环线,几座跨黄浦江的大桥也拔地而起,浦东开放开发是这种改变的重要推动力。轮渡一下子从几十年不堪重负的局面,切换到了被边缘化的状态。现在很多上海市民可能都以为轮渡早就不存在了,即便知道轮渡还在,却几年都不见得会去乘坐一次。这个转变的过程发生得很快,大约10年多的时间,上海轮渡就开始逐渐停运部分线路。一些城市研究人士或对城市感兴趣的人有时会说,轮渡有这样那样的好处,为什么不多开几条呢?如果轮渡可以从某地到某地有一条固定航线,对旅游和景观休闲都很有利。这样的观点,忽视了轮渡作为公共交通工具的运营成本核算要求,另一方面,也提示我们应该从角色转变的角度来重新审视轮渡。
2002年3月1日,受徐浦大桥、奉浦大桥建成通车的影响,上海轮渡鲁塘线车辆渡停航。2006年8月18日8:30时,昔日最繁忙的民丹线车辆渡驶出最后一班渡轮。2007年12月31日24:00时,东嫩线车辆渡停航。2010年6月,松浦三桥建成通车,线路基本重合的塘米线车客渡于9月10日停止载车,转为客渡。至此,车辆渡航线全部退出上海轮渡历史舞台。这种桥、隧冲击轮渡线的局面,是城市综合交通发展的一个必然过程。
上海轮渡也在悄然转型的进程中努力探索。2002年,市经委推动,由上海交运(集团)公司与上海市城市建设投资开发总公司共同投资组建成立上海市轮渡有限公司,上海轮渡走向企业化运作。此后在2010年世博会上,上海轮渡转型小试牛刀。“世博水门”成为历史上第一次由世博会主办方设置的水上入园通道。上海轮渡用22艘世博客渡船完成连接世博园黄浦江两岸园区的交通任务,会期乘客达2400万人次。世博期间的转型探索,初步展现了上海轮渡在现代城市交通网络存在的基础上,如何寻求自身定位。很显然,对上海这样一个国际化大都市、深受中外游客喜爱的重要旅游目的地来说,轮渡提供的服务被周边社区功能和主要交通轴线重新定义了。目前,上海市建有17条客渡航线、34个渡口,主要服务的是上下班骑自行车、助动车和电瓶车过江的乘客,至今每天仍有15万多人次的渡江需求,轮渡在黄浦江越江交通体系中仍然发挥着作用。
《城市中国》杂志029期(2008年7月15日出版)《未来生活进行时》栏目曾以《浦江轮渡:走在交通轨迹上的城市景观新游线》为题,对当时上海轮渡情况作了探访调查。编辑部专题报道组从南到北按顺序乘坐了当时在运营状态中的各条轮渡线,分别考察其周边环境、产业和乘客人群特征等。从专题中的跨页摄影作品可以看到当时上海轮渡的样貌。