土壤酸碱度影响着土壤的供肥能力和果蔬的健康生长。多数的果蔬喜欢中性土壤,即pH值在6.5-7.5之间。在酸性土壤中,土壤中的磷酸易与铁、铝离子结合成不溶物而被固定,影响蔬菜对磷的吸收;钾、钙等元素易被过多的氢离子取代而淋失掉;另外,酸性土壤中铜、锌、锰、硼等微量元素溶解增大,如果再增施微肥,有可能使蔬菜受害。而在碱性土壤中,水溶性磷酸根又易与钙结合成难溶的磷酸钙,降低肥效;还固定铁锌等微量元素,使果蔬发生缺铁症。
土壤微生物可以形成土壤结构。作为土壤的活跃组成分, 土壤微生物在自己的生活过程中,通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换,以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构,最终形成真正意义上的土壤。而且土壤微生物最显著的成效是分解有机质,比如施入土壤中的有机肥料等,只有经过土壤微生物的作用,才能腐烂分解,释放出营养元素,供作物利用,并形成腐殖质,改善土壤的结构和耕性。再次,土壤微生物还可以分解矿物质,土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷,钾细菌能分解出钾矿石中的钾,以利作物吸收利用,提高土壤肥力。微生物还可以降解土壤中残留的有机农药、城市污物和工厂废弃物等,把他们分解成低害甚至无害的物质,降低残毒危害。